此段落需要補充更多來源。 (2011年12月11日)請協助補充多方面可靠來源以改善這篇條目，無法查證的內容可能會因為異議提出而被移除。致使用者：請搜尋一下條目的標題（來源搜尋："貝加爾湖" — 網頁、新聞、書籍、學術、圖像），以檢查網路上是否存在該主題的更多可靠來源（判定指引）。

古中國史籍稱貝加爾湖為於巳尼大水、小海、大澤或北海，先後自前3世紀起先後屬於匈奴所屬的丁零部落領地、鮮卑+烏桓所屬的丁零和堅昆部落的領地、柔然、突厥所屬的鐵勒部落領地、安北都護府、回鶻、黠嘎斯+阻卜、遼朝（契丹）、尼倫和迭列斤兩大部落組成的蒙兀國人的活動範圍。著名的蘇武牧羊故事就發生在貝加爾湖一帶。這些遊牧部民長期存在，有時跟南部的中國發生戰爭（比如漢匈戰爭、北魏與柔然的戰爭），有時臣服於中國（如隋唐的全盛時期）。

13世紀起，這裡成為成吉思汗建立的蒙古帝國的領土。14世紀晚期的1388年，明軍在捕魚兒海（捕魚兒海又名貝爾湖，不是貝加爾湖）之戰中打敗北元軍隊，隨即北元後主脫古思帖木兒被也速迭兒刺殺，之後裂解為韃靼和瓦剌；貝加爾湖直到1620年代之前都屬於瓦剌的領土。

沙皇俄國的探索隊於1628年擴張至貝加爾湖一帶，為俄國征服西伯利亞的一部份[36]，而庫爾巴特·伊凡諾夫則於1643年帶領第一支到達貝加爾湖的探險隊[37]。

清康熙三十六年（1697年）和乾隆二十二年（1757年），喀爾喀蒙古和準噶爾汗國先後被清朝征服，清帝國與俄羅斯帝國，最終瓜分了蒙古區域。康熙二十八年（1689年）跟俄國簽訂的《尼布楚條約》中，曾屬於蒙古的貝加爾湖以東地區被康熙皇帝最終承認屬於俄國；清雍正五年（1727年）的《布連斯奇條約》和《恰克圖條約》，亦劃定貝加爾湖地區歸俄羅斯帝國所有。1908年6月30日，在湖西北方800公里處發生了通古斯大爆炸，部分影響了湖附近的森林。

1919年冬，俄國內戰期間，白軍領導人高爾察克從鄂木斯克與托木斯克撤退，在接近伊爾庫茨克的貝加爾湖畔受阻，高爾察克在1920年1月15日被駐守西伯利亞鐵路的捷克斯洛伐克軍團交給伊爾庫茨克的布爾什維克。指揮官卡普佩爾將軍為營救高爾察克，從克拉斯諾亞爾斯克頂著零下50度低溫向東行軍1000公里，於1月26日在伊爾庫茨克近郊因凍瘡與肺炎病逝，高爾察克也在2月7日被布爾什維克處決。在後有追兵的情況下，剩餘的軍人、眷屬、傷患約3萬人在1920年2月在零下40度暴風雪、缺乏適當衣物、糧食補給、絕望疲憊的情況下強行穿越結冰的貝加爾湖，許多人被凍死於湖面。他們的遺體與遺物在整個冬天維持冰封的狀態，直到湖冰溶解，沉入上公里深的湖底。有傳聞指出，高爾察克殘部曾獲得沙皇政府的黃金儲備，但在逃亡途中載金列車經橋無法負重致橋斷，數百公噸金掉入世界最深之淡水湖貝加爾湖。近年有人宣稱可能發現落入湖中的黃金[38][39]

21世紀以來，由於當地距離俄羅斯中心地帶較遠，經濟困頓，為此貝加爾湖地區找到了鄰近中國大陸的投資。